Giá trị đa dạng sinh học

Các kết quả nghiên cứu khoa học cho thấy vịnh Hạ Long có đầy đủ các hệ sinh thái của vùng biển nhiệt đới như: Hệ sinh thái rừng ngập mặn, hệ sinh thái rạn san hô, hệ sinh thái cỏ biển, hệ sinh thái rừng cây nhiệt đới. Ngoài ra, vịnh Hạ Long còn có hệ sinh thái tùng áng đặc thù, không nơi nào có được.
Địa hình vịnh Hạ Long có cấu tạo vô cùng phức tạp, bờ biển khúc khuỷu có nhiều cửa sông lớn. Đây là nguồn cung cấp thức ăn vô cùng phong phú đa dạng cho nhiều loài sinh vật. Đặc biệt, địa hình vịnh Hạ Long bị chia cắt bởi hàng ngàn hòn đảo lớn nhỏ tạo nên những vũng vịnh biển, mực nước ổn định hàng năm, biên độ thuỷ triều không lớn, mức sóng nhỏ, đồng thời khí hậu của Hạ Long rất ổn định, nhiệt độ trung bình dao động từ 19 - 25^oC với lượng bức xạ nhiệt trung bình 17kcl/ cm²/ tháng, lượng mưa 2000 - 2200mm/ năm. Đây là những điều kiện tự nhiên vô cùng thuận lợi cho các hệ sinh thái phát triển.
Trong vùng biển Hạ Long, san hô mọc rải rác ở nhiều nơi nhưng tập trung với số lượng mật độ dày đặc ở phía đông và nam xa bờ lục địa. Theo báo cáo của ADB (1995) và nghiên cứu của các nhà khoa học Viện Hải dương học thì san hô vịnh Hạ Long có 163 loài thuộc 44 chi 12 họ. Vùng này có rạn san hô phân bố ở khắp nơi, khi thì tập trung thành rạn với cấu trúc 3 đới rõ ràng khi thì tạo đám không phân đới, chúng thường tập trung ở độ sâu từ 4 - 6m. Độ che phủ rạn san hô trung bình 30% nhưng cũng có nơi lên tới 70 -80% như khu vực Cống Đỏ, Bọ Hung...
Rừng san hô vịnh Hạ Long thực sự là một cảnh sắc tuyệt đẹp, san hô dạng cảnh như san hô cây, san hô đĩa, san hô cục... với nhiều màu sắc trắng, lam, hồng, đỏ... Khi con nước triều lên xuống, cả rừng san hô với những xúc tua nhỏ xíu đong đưa chuyển động theo con nước. Rạn san hô đồng thời là nơi cư trú sinh sống của rất nhiều loài sinh vật như cá 107 loài, rong, tảo, động vật phù du, thực vật phù du... Trong đó có nhiều loài cá cảnh rất đẹp.
Bên cạnh hệ sinh thái rạn san hô là hệ sinh thái rừng ngập mặn. Đây là loại cảnh quan đặc sắc hấp dẫn của vùng bãi triều của vịnh Hạ Long. Rừng ngập mặn tập trung chủ yếu ở khu vực Tuần Châu, Cửa Lục, Ba Chẽ và rải rác ven bờ. Quảng Ninh là nơi có nhiều giống, loài cây ngập mặn phong phú nhất miền Bắc Việt Nam với nhiều quần xã tiêu biểu như quần xã Vẹt, Dù, Sú, quần xã Mắm, Quặn... Sinh sống trong rừng ngập mặn ấy là vô số loài động thực vật như chim di cư, bán di cư (37 loài), động vật đáy có 81 loài; cá 90 loài, thuộc 55 họ. Đặc biệt động vật đáy trong rừng ngập mặn chiếm 61,2% tổng số loài trên toàn vùng triều với nhiều loài có giá trị kinh tế cao như sò huyết, ngao, sái sùng, ngành giáp xác...
Ngoài hai hệ sinh thái cơ bản nói trên, vịnh Hạ Long còn có hệ sinh thái rừng cây nhiệt đới với số lượng giống loài rất phong phú như đinh, hương, sến, táu, vàng hương... Đây cũng là nơi sinh sống của các loài động vật hoang dã quý hiếm như hươu, chồn, sóc, đặc biệt là khỉ khoang trắng và khỉ lông đỏ cùng nhiều loài khác. Đồng thời, Hạ Long còn có một hệ thống tùng áng nhỏ ăn thông với biển Đông là nơi cư trú sinh sống và phát triển của vô số loài sinh vật và thực vật như cỏ biển, rong, tảo, cá tôm... Ngoài khơi xa là nơi quần cư của các loài tôm, cá, mực, bào ngư, hải sản với sản lượng đánh bắt hàng năm lên tới hàng ngàn tấn, chỉ tính riêng cá đã tới gần 1000 loài.